Sau khi Việt Nam Cộng hòa sụp đổ, Giáo hội bị chính quyền Cộng hòa Miền Nam Việt Nam tịch thu các cơ sở. Khối Ấn Quang mặc dù đã ủng hộ Mặt trận Giải phóng cũng không được chính quyền mới chiếu cố. Ngay từ cuối năm 1975 đã có những đụng độ giữa Giáo hội và chính quyền. Mười hai Phật tử và tăng ni đã tự thiêu ở chùa Dược Sư, Cần Thơ để phản đối lệnh cấm treo cờ Phật giáo cùng những điều lệ bó buộc khác.[14] Đại đức Thích Huệ Hiền để lại chúc thư yêu sách chính quyền Cách mạng thực hiện nhân quyền, tự do tôn giáo, chấm dứt đàn áp GHPGVNTN[15]. Sang tháng 3 năm 1977 khi nhà nước Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam trưng dụng Cô nhi viện Quách Thị Trang, Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất phản kháng mạnh mẽ kêu gọi Phật tử xuống đường phản đối. Viện Đại học Vạn Hạnh bị nhà nước buộc phải đóng cửa.[14] Nhà xuất bản Lá Bối cũng phải ngưng hoạt động.[16] Ban lãnh đạo Giáo hội có gửi thư đòi thực thi tự do tôn giáo thì chính phủ phản ứng với lệnh bắt giam sáu thành viên lãnh đạo, trong đó có Hòa thượng Thích Huyền Quang, Thích Quảng Độ và Thích Thiện Minh. Thượng tọa Thích Thiện Minh sau đó đã chết trong trại giam[15], thượng tọa Thích Quảng độ cho là ông đã bị đánh chết trong tù [17]. Để phản đối hành động áp bức này Hòa thượng Thích Đôn Hậu tuyên bố rút ra khỏi Mặt trận Tổ quốc và từ chức đại biểu Quốc hội.[18] Ngày 16 tháng 4 năm 1977, Uỷ ban Nhân dân thành phố Hồ Chí Minh ra Thông báo kêu gọi Phật tử Saigon đấu tranh chống lại GHPGVNTN. Thông báo còn hăm doạ ra tay đàn áp.[15]

Năm 1981, nhằm thống nhất các hệ phái Phật giáo, sau ba năm vận động chính phủ cho thành lập một tổ chức mới mang tên Giáo hội Phật giáo Việt Nam (GHPGVN) làm tổ chức duy nhất đại diện Phật giáo toàn quốc.[19] Hàng ngũ giáo phẩm thiên tả trong Giáo hội ủng hộ đường lối này[16]. Trưởng ban vận động Thống nhất Phật giáo Việt Nam là Hòa thượng Thích Trí Thủ, lúc đó là Viện trưởng Viện hóa đạo GHPGVNTN.[20] Theo "Hồ sơ Thống nhất Phật giáo" của Đỗ Trung Hiếu, đảng viên cán bộ được Ban Tôn giáo chính phủ giao nhiệm vụ thực hiện việc hợp nhất Phật giáo thì Giáo hội mới sẽ nằm dưới sự chỉ đạo của Đảng Cộng sản Việt Nam.[21][22]

Nhiều lãnh đạo của Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất gia nhập tổ chức mới và trở thành lãnh đạo của Giáo hội Phật giáo Việt Nam[cần dẫn nguồn] mới như Hòa thượng Thích Đôn Hậu (Tăng thống GHPGVNTN) làm Phó Pháp chủ kiêm Giám luật GHPGVN đến khi qua đời;[23] Hòa thượng Thích Trí Thủ (Viện trưởng Viện hóa đạo GHPGVNTN) làm Chủ tịch Hội đồng Trị sự GHPGVN đến khi qua đời; Hòa thượng Thích Trí Tịnh (Phó viện trưởng Viện hóa đạo GHPGVNTN) làm Phó Chủ tịch Hội đồng Trị sự GHPGVN, nay là Chủ tịch Hội đồng Trị sự, Đệ Nhất Phó pháp chủ GHPGVN.

Tuy nhiên một số thành viên khác của Giáo hội Thống nhất không chấp nhận tổ chức GHPGVN và bị chính phủ ép giải tán nhưng không qua văn bản chính thức của chính phủ. Ngày 24 tháng 2 năm 1982, Ủy ban Nhân dân thành phố Hồ Chí Minh ra Quyết định trục xuất hai Hoà thượng Thích Huyền Quang, Thích Quảng Độ về quản chế tại quê quán Quảng Ngãi và Thái Bình, không qua sự xét xử của toà án. Ngày 7-7 cùng năm, chùa Ấn Quang là trụ sở của GHPGVNTN bị cưỡng chiếm.[15] Toàn bộ tư liệu, hồ sơ của Viện Hoá Đạo bị đốt sạch trong năm ngày mới hết. Mất trụ sở và nhân sự Giáo hội Thống nhất ngưng hoạt động hoàn toàn.